W okres zaborów Jędrzejów wchodził jako miasto będące świadkiem wielkich wydarzeń historycznych. W dobie powstania kościuszkowskiego w tych okolicach przez kilka dni stacjonowały bowiem główne siły powstańcze, które 6 czerwca 1794 r. pod Szczekocinami stoczyły bitwę z połączonymi wojskami rosyjskimi i pruskimi. Krótko przed tą bitwą, tj. 27 maja 1794 r., w klasztorze oo. Cystersów doszło nawet do spotkania naczelnika Tadeusza Kościuszki z ks. Józefem Poniatowskim.
W okresie późniejszym nie było już tak spektakularnych wydarzeń, ale wielki wpływ na życie miasta wywarły powstanie styczniowe oraz okres I wojny światowej. W czasie powstania styczniowego przez Jędrzejów kilkakrotnie przechodziły duże oddziały powstańcze, co powodowało ustawiczny paraliż władz miejskich. Wielu młodych mieszkańców miasta zasilało także szeregi wojsk powstańczych.
Po upadku powstania życie miasta zostało niejako wtłoczone w ramy systemu represji i rusyfikacji, czego przejawem było m.in. zrusyfikowanie wszystkich urzędów, a także utworzenie w budynkach poklasztornych rosyjskiego Seminarium Nauczycielskiego.
Przełom XIX i XX w. przyniósł stopniowe przebudzeni społeczności miejskiej. Przejawem tego było m.in. wytworzenie się nowej elity społeczno-kulturalnej, rekrutującej się głównie spośród inteligencji, która podjęła szereg nowych inicjatyw. Należeli do niej m.in. Franciszek Adamowicz, Antoni Sucharkiewicz, Stanisław Pitas czy Feliks Przypkowski, a także właściciele leżących w powiecie jędrzejowskim majątków ziemskich: Stefan Kozłowski i Stefan Wielowieyski.
Po wybuchu I wojny światowej Jędrzejów był świadkiem wielu ważkich wydarzeń, m.in. wkroczenia 8 sierpnia 1914 r. oddziału strzelców Józefa Piłsudskiego. Niezwykle istotnym wydarzeniem było też odzyskanie praw miejskich w 1916 r., a następnie pierwsze wybory do Rady Miejskiej, które odbyły się we wrześniu 1918 r.
